细胞及其在组织样本中的相对位置之间的关系对于理解疾病病理可能至关重要。10×Genomic单细胞空间转录组测序是一项开创性的技术，不仅可以得到组织样本中所有的基因活性，还可以绘制出发生该活性的位置图谱。可用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，从而解析单个组织切片中的所有mRNA。
空间条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着，使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。具体步骤包括：组织切片和优化、切片固定和透化、逆转录cDNA合成、文库构建、上机测序、生信分析。
数据质量情况，数据中的点阵数目。点阵中的基因数和转录本数，barcode识别比例，测序质量Q30等
右图每种颜色表示一种cluster，对细胞进行分群
左图中的显示不同细胞群在切片物理位置上的分布
基因在切片上的表达水平，颜色从蓝到红，代表的表达量越来越高
做完单细胞内容后，大家对于目标细胞群体应该有了初步的认识，但是仍然会有很多问题值得商榷，例如：
（1）细胞类型鉴定完之后，可能会发现对照组和处理组的细胞类型差不多，但是表型却大同小异。同样类型的细胞，为什么在不同样本中的表现差异如此之大？基因表达不同的缘故吗？那又是什么因素导致相同类型的细胞基因表达差异如此之大？
（2）通过降维聚类，特征相似的细胞聚集在一起。基因表达相似，便代表这一群细胞行驶的功能是一样的吗？既然特征相似，为什么细胞和细胞之间，在二维平面上的分布还是有一定距离？聚类之后的细胞分布，和细胞在组织上的真实分布有什么关系？
（3）细胞的异质性是真实存在的，而在单细胞水平下是研究是以群（cluster）为最小单元，这样分析是否合理？以群为单位，是否会掩盖或忽略掉细胞之间的关键信息？
（4）单细胞水平下分析得到的细胞分化发育轨迹，或细胞和细胞之间的通讯联系，在空间上是否真实分布在临近区域？不同细胞之间的联系，是直接，还是间接？或者反过来，单细胞水平下分析得到的功能相似的细胞群体，在组织中的分布，一定是在同一区域吗？
这些问题，如果仅仅靠单细胞一个层面的数据，是很难解释清的。所以需要在单细胞的基础上，联合空间转录组，二者相互印证，才能获取更真实的信息。
除了皮肤、胰腺、骨胳组织外，其余样本类型均可开展空间转录组实验，目前物种有人、小鼠和大鼠。
10X空间转录组文库构建过程中主要有两步质检过程，主要有：
（1）组织形态检测：冰冻切处，做普通的H&E染色即可，主要看样本是否符合客户的研究目的，其次观察组织形态上是否完整，是否可以正常捕片子。
（2）RNA完整性检测：在文库构建之前，需要对切片样本先进行RNA提取，检测其完整性RIN值，理想情况下RIN值≥7，则说明该样本符合实验标准，可继续进行；对于组织RNA RIN值在6-7的样本，也可以进行尝试，但可能会出现基因检出数偏低的情况，需客户自行判断是否上机实验；RNA RIN值≤6的样本，不推荐进行实验。
