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单细胞全基因组甲基化(scWGBS)

产品介绍

     在细胞正常发育过程中,DNA甲基化作为重要的“表观遗传学标记”,是存在DNA序列上的化学或蛋白标签。这种标签在不改变现有DNA序列的基础上,时刻记录细胞变化历程,参与决定生物学调控过程的开启或关闭,控制细胞的命运。
     目前,单细胞全基因组甲基化测序(scWGBS)已成为研究热点,对高异质性细胞表观遗传信息的发掘有重大意义,为揭示胚胎发育,癌症的发生发展机制,细胞异质性,癌症的早期发现和预后效果评估及进行癌症的研究治疗提供了可能。


技术流程

部分结果展示


单细胞全基因组甲基化 结果1 检测到甲基化位点数量.JPG


通过scBS-Seq获得的CpGs数量与对比基因组的测序reads的数量相关
以上结果中当比对上的reads数为500万条时,覆盖到的CpG二核苷酸位点平均为370万个,大约占小鼠全基因组CpGs位点的17.7%(8.5-36.2%范围),

但随着测序深度增加会得到更多的CpGs位点,而本实验中测序深度并未达到饱和。






平均甲基化水平







差异甲基化区(DMR)火山图





Smallwood S. A, et al. Single-cell genome-wide bisulfite sequencing for assessing epigenetic heterogeneity. Nature Methods. 2014 Aug;11(8):817-20.


送样要求

一、
从组织分离单细胞,要求是新鲜的组织,没有经过冷冻、固定等处理。
二、
保证细胞活性和形态完整,不要损伤细胞。
三、
分离的单细胞放入公司提供的裂解液中,使用200µl的PCR管,每管裂解液用量为5µl,放入细胞时带入缓冲液体积不要超过1µl。
四、
细胞数量:每管放入一个或多个细胞,每种细胞建议做3-5个重复。
五、
单细胞放入裂解液后,-80℃保存,干冰运输。运输的时候要将管子做好包装,放入干冰中,以防运输过程中管子损坏。
六、
裂解液-80℃保存,避免反复冻融。
七、
操作过程尽量保持低温环境,加入单细胞的裂解液尽快放入-80℃保存,最好不要 超过1小时,中间的时间越短越好。
八、
样本一旦放在-80℃或干冰冻存之后,不能反复化冻。

常见问题

单细胞限定性区域甲基化与单细胞全基因组甲基化之间如何选择?

单细胞限定性区域甲基化(scRRBS),这是种联合酶切的方法,会更多富集出CpG岛区域,主要是检测基因的promoter区域甲基化状态。

单细胞全基因组甲基化(scWGBS),是对细胞进行裂解消化包裹DNA的蛋白之后,将DNA用亚硫酸盐处理,之后用随机引物进行若干轮的线性扩增,这样得到的区域在基因组上就是随机的,然后再进行指数扩增,这样测序够深的话就可以得到全基因组的信息。

scWGBS,测序深度和数据量如何确定?

我们一般是测15G数据,一般分析发文章是够用的,但是再多测对单细胞而言不会增加太多的覆盖度。当然,测得多就覆盖度高,但并不经济划算

scWGBS应用在哪些方面 ?

主要应用于癌症研究、胚胎发育研究、细胞异质性研究和胎植入前遗传诊断。为揭示胚胎的发育机制,进行癌症和不孕不育的研究治疗提供了可能。

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