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单细胞限定性代表区域甲基化(scRRBS)

产品介绍

       DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息,与基因表达、表型性状密切相关,一直是表观遗传的研究热点。
       Single cell Reduced Representation Bisulfite Sequencing(scRRBS)是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法,通过特定酶切富集出全基因组内启动子及CpG岛区域,并进行Bisulfite测序,实现对DNA甲基化情况高分辨率观测。此方法可获得一部分具有重要信息的CpG位点,包括70%以上的启动子区域和80%以上的甲基化岛。
       单细胞限定性代表区域甲基化(scRRBS)作为一种高性价比的甲基化研究方法,在基础研究和大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。

技术流程

部分结果展示

单细胞限制性区域甲基化 覆盖率.jpg


与bulk样本RRBS数据CpG位点富集率相比,合并后的单个小鼠胚胎干细胞RRBS数据富集比例。




 单细胞限制性区域甲基化 热图1.PNG

  甲基化聚类热图





Guo H, et al. Single-cell methylome landscapes of mouse embryonic stem cells and early embryos analyzed using reduced representation bisulfitesequencing. Genome Res. 2013. 23:2126-2135.


送样要求

一、
从组织分离单细胞,要求是新鲜的组织,没有经过冷冻、固定等处理。
二、
保证细胞活性和形态完整,不要损伤细胞。
三、
分离的单细胞放入公司提供的裂解液中,使用200µl的PCR管,每管裂解液用量为5µl,放入细胞时带入缓冲液体积不要超过1µl。
四、
细胞数量:每管放入一个或多个细胞,每种细胞建议做3-5个重复。
五、
单细胞放入裂解液后,-80℃保存,干冰运输。运输的时候要将管子做好包装,放入干冰中,以防运输过程中管子损坏。
六、
裂解液-80℃保存,避免反复冻融。
七、
操作过程尽量保持低温环境,加入单细胞的裂解液尽快放入-80℃保存,最好不要 超过1小时,中间的时间越短越好。
八、
样本一旦放在-80℃或干冰冻存之后,不能反复化冻。

常见问题

单细胞限定性区域甲基化(scRRBS)与单细胞全基因组甲基化(scWGBS)之间如何选择?

单细胞限定性代表区域甲基化(scRRBS),这是种联合酶切的方法,会更多富集出CpG岛区域,主要是检测基因的promoter区域甲基化状态。

单细胞全基因组亚硫酸氢盐测序(scWGBS),单细胞的WGBS是对细胞进行裂解消化包裹DNA的蛋白之后,将DNA用亚硫酸盐处理,之后用随机引物进行若干轮的线性扩增,这样得到的区域在基因组上就是随机的,然后再进行指数扩增,这样测序够深的话就可以得到全基因组的信息。

Single cell RRBS,应用在哪些方面 ?

主要是检测基因的promoter区域甲基化状态。
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